Действие Star Trek Online начинается в 2409-м году. Игрокам предлагается исследовать всю галактику, открывать новые, не известные планеты, исследовать их и устанавливать контакт с местным населением, заниматься торговлей или производством товаров. Однако космос таит в себе множество опасностей - далеко не все встречи будут мирными. Вам придётся защищать свою жизнь и свой корабль. Вы никогда не знаете заранее что ждёт вас на ближайшей планете.

Разработчики Star Trek Online хотели, чтобы игроки почувствовали себя настоящим экипажем, дружным и сплоченным. Для этого в игре предусмотрено разделение игроков по различным специальностям. Только совместные действи игроков позволят использовать корабль с максимальной эфективностью. Если сплоченности не будет - вы окажетесь лёгкой добычей космоса.